Buenas noches Lina. 

En pocas lineas le respondo:

La contaminación cruzada puede ocurrir por ejemplo, cuando en el laboratorio se procesa inadecuadamente una muestra con una alta concentración del analito A (puede ser microbiológico tambien) conjuntamente con otra muestra de muy baja concentración del mismo analito. 

El resultado del ensayo de esta última muestra posiblemente se verá afectado por un error (en exceso) debido a este fenómeno. 

De allí surge la necesidad de trabajar con instalaciones adecuadas, que minimicen el riesgo de "contaminación" cruzada. 

Saludos!